تومورهای خوش‌خیم هیپوفیز تومورهای خوش‌خیم هیپوفیز کوچک‌تر از ده میلی‌متر را مایکروآدنوم می نامند. تومورهای بزرگ‌تر از ده میلی‌متر ماکرو آدنوم نام دارند. اگر تومورهایی که زیر اعصاب چشم قرار دارند پایین بمانند، به اعصاب چشم فشار نمی‌آورند. اگر این تومورها به بالای اعصاب بروند و به اعصاب فشار بیاورند، در دید بیمار اختلال ایجاد می‌کنند و اگر به سمت کنار بروند، وارد سینوس کاورنوس می‌شوند و به اعصاب کنترل‌کننده حرکت چشم، فشار می‌آورند. نوع دیگری از تومورهای خوش‌خیم هیپوفیز به طرف جلو حرکت می‌کنند و وارد سینوس اسفینوئید می‌شوند. بعضی از تومور ها تولید هورمون می کنند. از تومور های تولید کننده هورمون، می توان از تومور تولید کننده هورمون رشد که باعث بزرک شدن جثه، و تومور تولید کننده هورمون پرولاکتین نام برد.  خارج‌شدن شیر از پستان بیمار، یکی از علائمی است که تومورهای تولیدکننده هورمون پرولاکتین به همراه دارند؛ اما این نکته حائز اهمیت است که اکثر تومورهای خوش‌خیم هیپوفیز هورمون تولید نمی‌کنند. تومورهای تولید کننده هورمون رشد و به خصوص تولیکننده پرولاکتین می توانند با دارو درمان شوند. تومورهای دیگر که رشد کرده و یا به عصب چشم فشار می آورند می توانند از طریق بینی با آندوسکوپ جراحی می‌شوند.  مرگ تومور هیپوفیز (آپوپلکسی) در اثر نرسیدن خون به تومور، تومور از بین می‌رود و یا خونریزی می‌کند. با زیادشدن فشار در داخل تومور، هورمون‌های بیمار نامتعادل می‌شوند(مثل کم‌شدن میزان کورتون، میزان سدیم بدن بیمار به دلیل تغییرات هورمون   ADH   نامتعادل می‌شود و به اعصاب چشم فشار می‌آید. فشار به اعصاب چشم منجر به کوری و تغییر حرکت اعصابی که چشم را کنترل می‌کنند، می‌شود. این تومور به اورژانس پزشکی مغز و اعصاب نیاز دارد و هرچه سریع‌تر باید درآورده شود.

هیپوفیزیت لنفوسیتی هیپوفیزیت یک بیماری کمیاب است؛ که باعث التهاب مهم‌ترین غده تولیدکننده هورمون در مغز، یعنی هیپوفیز می‌شود. هیپوفیزیت لنفوسیتی شایع‌ترین نوع بیماری هیپوفیزیت است. زمانی که غده هیپوفیز توسط سلول‌هایی مثل لنفوسیت، پلاسما، هیستوسیت و غیره مورد حمله قرار بگیرد، بیماری هیپوفیزیت ایجاد می‌شود. معمولاً اختلال عملکرد خود ایمنی، باعث حمله سلول‌ها به غده هیپوفیز می‌شود. علائم هیپوفیزیت لنفوسیتی خستگی، سردرد، اختلال در عملکرد هیپوفیز و اختلال در بینایی، از علائم رایج هیپوفیزیت لنفوسیتی هستند.  تشخیص هیپوفیزیت لنفوسیتی پزشک پس از بررسی علائم، در صورتی که به هیپوفیزیت لنفوسیتی شک کند، انجام آزمایش و MRI را تجویز می‌کند. اگر با این دو روش تشخیص کامل بیماری امکان‌پذیر نباشد، نمونه برداری انجام خواهد شد. درمان هیپوفیزیت لنفوسیتی یکی از رایج‌ترین روش‌های درمان، مصرف داروهایی مثل استروئید و کورتیکواستروئید در دوزهای بالا است. اگر بیمار مقاوم به دارو باشد، تابش کانون التهابی به عنوان درمان بعدی بیماری در نظر گرفته می‌شود.  

تومورهای قاعده جمجمه به تومورهایی که در بافت استخوانی جمجمه (قسمت پوشاننده مغز) رشد می‌کنند، تومورهای قاعده جمجمه می‌گویند. این تومورها زیر مجموعه‌ای از تومورهای مغزی هستند و می‌توانند خوش خیم و یا بدخیم باشند. عموماً تومورهای خوش خیم ابعاد کوچکی دارند، اما می‌توانند به اندازه ای رشد کنند که باعث بروز علائم در فرد شوند. این تومورها در ناحیه خاصی از مغز دیده می‌شوند. قاعده جمجمه سه بخش اصلی دارد: حفره جمجمه بالایی، حفره جمجمه میانی و حفره جمجمه پشتی. این تومورها همچون سایر بیماری‌های مغز و اعصاب، بر اساس نوع تومور و محل بروز آن در قاعده جمجمه، دسته بندی می‌شوند. خدمات تشخیص و درمان تومورهای قاعده جمجمه در کلینیک جامع مغز و اعصاب مرتضوی ارائه می شود. بخش‌های قاعده جمجمه حفره جمجمه بالایی این بخش در بردارنده حدقه و کاسه چشم و سینوس‌ها است. تومورهای قاعده جمجمه ای که در این محل شکل می گیرند شامل نوروبلاستومای بویایی، سرطان سینوس پارانازال و مننژیوما هستند. حفره جمجمه میانی این بخش دربردارنده غده هیپوفیز در زین ترکی (سلا تورسیکا) است. تومورهای این بخش شامل تومور کرانیوفانژیوما، آدنوم هیپوفیز و کیست رتکه می‌شود.  حفره جمجمه پشتی این قسمت، بخش پشتی مغز است و تومورهای این ناحیه شامل مننژیوما، آکوستیک نوروما، کوندروسارکوما، کوردوما و تومورهای اپیدرمویدی می‌شود. انواع تومورهای قاعده جمجمه تومور عصب شنوایی کندروما تومور کندروسارکوم تومور استخوان همانژیوپری سایتوما مننژیوما تومورهای متاستازی مغز آنژوفیبرومای نازوفارینکس نوروفیبروما سرطان حفره مخاطی بینی اوستئوما سرطان سینوس‌ها ضایعات اپکس پتروس

رزکسیون آندوسکوپی رزکسیون آندوسکوپی که به آن روش اندوسکوپیک اندونازال می‌گویند، یک نوع جراحی قاعده جمجمه است که از سوراخ‌های بینی به عنوان ورودی طبیعی به داخل جمجمه استفاده می‌کند. این نوع از جراحی، یکی از کم خطرترین انواع جراحی است؛ زیرا آندوسکوپ از طریق بینی برای دستیابی به تومورهای نزدیک قاعده جمجمه عبور می‌کند و هم‌چنین دسترسی جراح مغز و اعصاب به بخش‌هایی از مغز و ستون فقرات که دسترسی به آن‌ها با سایر مداخلات عصبی جراحی دشوار است، را آسان می‌کند. رزکسیون آندوسکوپی با هدایت آندوپورت، به حذف تومورهایی مانند مننژیوم ( که در مکان‌هایی وجود دارد که دسترسی سختی دارد)، کمک می‌کند. از این جراحی در بیماری‌های زیر بیشترین استفاده را می‌کنند ۱- مننژیوم شیار بویایی ۲- برجستگی مننژیوم سلار ۳- فرورفتگی زینی شکل مننژیوم سلار  ۴- درمان مشکلات سینوس‌ها میکروجراحی کیهول (Key Hole) میکروجراحی کیهول به عنوان کرانیوتومی (جمجمه برداری) واقع در بالای حدقه ی چشم (سوپرااربیتال) یا کرانیوتومی ابرو نیز شناخته می‌شود. کرانیوتومی عبارت است از برداشتن بخشی از استخوان از جمجمه به منظور نمایان شدن مغز. کرانیوتومی سوپرا اربیتال برای برداشتن تومورهای مغزی استفاده می‌شود؛ که خیلی بزرگ یا نزدیک به اعصاب بینایی یا شریان‌های اساسی هستند و با آندوسکوپی قابل برداشتن نیستند. جراحان مغز و اعصاب یک برش کوچک در ابرو ایجاد می‌کنند تا به تومورهای جلوی مغز یا اطراف غده هیپوفیزی دسترسی پیدا کنند. چه زمانی برای انجام یک میکروجراحی کیهول مناسب‌تر است؟ از این روش برای موارد زیر، بیشترین استفاده را می‌کنند: ۱- مننژیوم شیار بویایی ۲- مننژیوم بال اسفنوئید (مربوط به استخوان پروانه ای) ۳- تومورهای پایه جمجمه ۴- برخی از تومورهای  هیپوفیز ۵- کیست‌هایی مانند کیست راتکه 

کیست راتکه کیست راتکه، یک کیست خوش‌خیم در غده هیپوفیز است. اگر  بیمار کیست راتکه ، بیش از حد رشد کند و اندازه آن به ۲ تا ۴۰ میلی‌متر برسد، خطرآفرین خواهد شد.  زنان بیشتر از مردان به این کیست مبتلا می‌شوند.  اگر با  تشخیص کیست راتکه  و در اثر رشد آن، کیاسم بینایی تحت فشار قرار بگیرد، عوارضی مثل اختلالات بینایی و اختلالات هورمونی را به همراه خواهد داشت. برای  درمان کیست راتکه ، ابتدا نمونه برداری می‌شود و سپس در صورت نیاز عمل  جراحی کیست راتکه  انجام می‌شود.

کرانیوفارنژیوم کرانیوفارنژیوم، یک تومور نادر سر است؛ که البته از نوع خوش خیم است. این تومور، از بقایای سلول‌های دوران جنینی ایجاد می‌شود. کرانیوفارنژیوم، بیشتر در کودکان ۵ تا ۱۰ ساله و در بزرگسالان ۵۰ تا ۷۵ ساله دیده می‌شود. غده هیپوفیز و هیپوتالاموس، نقش در تولید هورمون‌های متعدد دارند؛ که این هورمون‌ها، تولید هورمون در سایر غدد بدن را تنظیم می‌کنند. تومور کرانیوفارنژیوم، بر تولید هورمون در قسمت‌های مختلف بدن تأثیر می‌گذارد.  انواع کرانیوفارنژیوم کرانیوفارنژیوم دو نوع دارد: کرانیوفارینژیوما adamantinomatous معمولاً در کودکان دیده می‌شود. کرانیوفارینژیوما پاپیلاری در بزرگسالان دیده می‌شود. تشخیص کرانیوفارنژیوم برای تشخیص این نوع تومور، از آزمایشات تصویربرداری مثل MRI استفاده می‌شود. روش تشخیصی دیگر، توموگرافی کامپیوتری (CT) است. درمان کرانیوفارنژیوم درمان کرانیوفارنژیوم ، به تشخیص زودهنگام بستگی دارد. اگر این تومور به موقع تشخیص داده شود، با عمل جراحی برداشته می‌شود؛ البته بعضی از افراد علاوه بر جراحی کرانیوفارنژیوم ، نیاز به مصرف طولانی مدت داروهای جایگزین هورمونی دارند. هم چنین با توجه به نظر پزشک کرانیوفارنژیوم ، بعضی از افراد پس از عمل جراحی، نیاز به پرتو درمانی دارند؛ زیرا برداشتن کامل تومور، در بعضی افراد مشکل زا است. داشتن رژیم غذایی مناسب و انجام ورزش منظم نیز، در درمان این تومور حائز اهمیت هستند.  علائم کرانیوفارنژیوم یکی از بارزترین علائم این تومور مغزی، چاقی است. اختلالات بینایی، اختلالات شخصیتی و اختلالات تمرکز و حافظه از دیگر علائم این تومور هستند؛ که ممکن است پس از عمل جراحی نیز بهبود نیابند. از دیگر علائم می‌توان به موارد زیر اشاره کرد: دیابت بی مزه اختلالات رشد در کودکان کوتاهی قد اختلالات خوردن پوکی استخوان افزایش یا کاهش موهای زائد

کیست راتکه کیست راتکه، یک کیست خوش‌خیم در غده هیپوفیز است. اگر بیمار کیست راتکه ، بیش از حد رشد کند و اندازه آن به ۲ تا ۴۰ میلی‌متر برسد، خطرآفرین خواهد شد.  زنان بیشتر از مردان به این کیست مبتلا می‌شوند.  اگر با تشخیص کیست راتکه و در اثر رشد آن، کیاسم بینایی تحت فشار قرار بگیرد، عوارضی مثل اختلالات بینایی و اختلالات هورمونی را به همراه خواهد داشت. برای درمان کیست راتکه ، ابتدا نمونه برداری می‌شود و سپس در صورت نیاز عمل جراحی کیست راتکه انجام می‌شود.